在这期间，马元熊为配合全国革命斗争形势，决心开展武装斗争。于是，他派教师张克光打入芷江的“互助社”，争取发展进步力量，与参议长邓海藩、杨永清、李庭章相抗衡，同时，对地方武装进行策反工作。根据马元熊的意见，张克光先后在罗卜田、木江冲一带发展“社员”五十六人，并搜集了不少敌伪情报。

“画刊事件”在芷江产生了很大的政治影响，同时也引起了特务对马元熊的注意。进步教师周子厚、廖少华等对元熊的人身安全十分耽心，建议他离芷返铜暂时“避避风”。为了保存革命力量，实行分散、隐蔽的原则，马元熊接受了他们的建议，于一九四八年秋与段友萍经晃县回到铜仁。不久，他二人欣然接受私立“豫章中学”的聘请，马元熊任该校训导主任，段友萍任教师。

三

一九四九年初，马元熊接受私立“益州中学”聘请，出任教导主任，段为教师。当时，益州中学缺乏国文教材，他与段从培养进步青年出发，冒着危险，选编了鲁迅、郭沫若、叶圣陶等人的进步文章二十多篇，自出排板、印刷经费，汇编成册，取名为《药》。他在编后记中写道：“苦闷的根源来得很久很远，早在二千多年前就已种下了历史的因子……。当我走向湘黔的山程时，觉着这亘古蛮荒的绝塞里，权宜充着青年读物是含了毒素的‘剑侠’、‘释叉’、‘模范作文’和无名的冯、张、徐作品……。它们正啮着青年的灵魂，阉割了真理！历史的发展是没有走回头路的，眼前的五指更遮不住客观事实的存在……。生长在这亘古蛮荒的绝塞里的青年朋友们，由你们的智慧中所发出的苦闷正深深地啃啮着你们的灵魂，所以，这部‘药’，恐怕也只能作初服的药剂而已。”编后记虽只寥寥数语，但字里行间却充满着革命热情，对青年寄予莫大的希望。

马元熊回到铜仁后，为了迎接全国解放战争的胜利，在与上级党组织未取得联系的情况下，以一个共产党员的坚强毅力开始进行武装斗争的思想和组织准备。在此期间，马元熊先后培养了陈建华、段友萍、陈超然、张盛文、谢士彦、谢尚均等人作为组建革命武装的骨干力量，并经常与他们秘密研究工作。同时，他写信给芷江的老战友，鼓励他们坚持斗争为革命培养人才。一九四九年一月下旬，马元熊在给周子厚的信中写到：“准备输送十个进步青年，不告诉去处，只说去最艰苦的地方，准备吃大苦，一定要有思想准备。人选确定后，在芷江城候信，电到出发。旅费由你供给。”周子厚根据马元熊的要求，先后汇给他“法币”三百八十万元。同时，对简师二班学生黄雨祥、蒋国旺、周明玉、杨鸣珍、胡先煦、蒋光泰、卜志科等都一个一个地做了动员工作。农历元宵，马给周子厚拍去电报：“款收，人缓行。”

一九四九年二月的一天晚上，马元熊同志以请客为名，在陈建华家楼上召开秘密会议（参加会议的有陈建华、张盛文等），分析了铜仁保安团的调防情况，研究了组织武装力量，开展武装斗争问题。会后，亲自到各地组织革命武装。

三月二十四日，马元熊完成任务后从大兴返回铜仁，途经川硐时，由于叛徒的出卖在李钰如家被保三团逮捕。

马元熊被捕后，关押在川硐乡公所的碉堡里。敌人采用猴子搬桩、悬吊“半边猪”、燃香烧背等酷刑，百般折磨他。马元熊同志始终威武不屈，未供一字。

敌人无计可施，决计对马元熊同志下毒手。当日下午，他被押往铜仁，在九股坡惨遭杀害，壮烈牺牲。时年三十一岁。马元熊遇难后，段友萍、谢士彦、陈建华、陈超然、陈万隆、张盛文等亦先后被捕，押到贵阳，关进监狱。贵阳解放时，段友萍被垂死挣扎的敌人活埋于贵阳郊区，谢士彦也惨遭杀害。

解放后，党和政府根据马元熊生前的表现和事迹，于一九五三年三月二十四日正式追认为革命烈士。复仁坳烈士故居挂牌为县级文物重点保护单位，以资纪念。